Năm 2002, Bộ Khoa học và Công nghệ phê duyệt Trường Đại học Khoa học Tự nhiên là đơn vị thực hiện Dự án Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein cấp Quốc gia.

* Giai đoạn I (2003-2008)

        Xây dựng phòng thí nghiệm và mua sắm thiết bị của Dự án; 

        Chủ nhiệm Dự án: PGS. TS. Nguyễn Xuân Quýnh

• Ngày 30/5/2003: Đại học Quốc gia Hà Nội ra quyết định số 587/TCCB thành lập PTNTĐCNEP để triển khai Dự án.

* Giai đoạn II (từ 2008-2013)

       Xây dựng Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein để hình thành một cơ sở nghiên cứu hiện đại, chuyên sâu về lĩnh vực enzyme-protein, giải quyết một số vấn đề khoa  học và công nghệ gắn liền với thực tiễn Việt Nam, góp phần thúc đẩy mạnh mẽ sự phát triển công nghệ sinh học của đất nước, nhanh chóng hoà nhập với trình độ phát triển khoa học công nghệ của các nước tiên tiến trong khu vực; Giám đốc: GS.TS. Phan Tuấn Nghĩa

• 7/2008: Bộ KHCN ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động của các Phòng thí nghiệm trọng điểm.
• Ngày 02/12/2008 Giám đốc Đại học Quốc Gia Hà Nội đã bổ nhiệm PGS.TS. Phan Tuấn Nghĩa làm Giám đốc Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein (Quyết định số: 5805/QĐ-TCCB).
• 18/03/2009: Hiệu trưởng Trường ĐHKHTN ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein, (Quyết định số 764/QĐ-TCCB) trên cơ sở Quy chế tổ chức và hoạt động chung của Phòng thí nghiệm trọng điểm do Bộ KH - CN ban hành và chức năng, nhiệm vụ của PTNTĐCNEP. Ngày 21/7/2009 Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ (số A-843) cho PTNTĐCNEP. Ngày 29/7/2009 Tổng cục Cảnh sát, Bộ Công An cấp Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu (số 1163/ĐKMD) cho PTNTĐCNEP.
• Giám đốc PTNTĐCNEP đã cùng với Trường hình thành đội ngũ cán bộ chính nhiệm và kiêm nhiệm, tính đến 13/3/2014 PTNTĐCNEP có 08 cán bộ chính nhiệm và 22 cán bộ kiêm nhiệm.
• Giám đốc PTNTĐCNEP đã ra quyết thành lập phòng Hành chính -Tổng hợp và 06 phòng chuyên môn với Trưởng phòng là các cán bộ có trình độ Tiến sĩ trở lên.

* Giai đoạn III (từ 2014-nay)

         Xây dựng Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein để tiếp tục phát triển thành một cơ sở dẫn đầu trong nước chuyên nghiên cứu chuyên sâu về lĩnh vực enzyme -protein, làm chủ và chuyển giao một số công nghệ protein và enzyme để phục vụ thực tiễn Việt Nam, góp phần thúc đẩy mạnh mẽ sự phát triển công nghệ sinh học của đất nước, phấn đấu đạt trình độ phát triển  khoa học công nghệ của các nước tiên tiến trong khu vực và tiếp cận một số công nghệ đạt trình độ của các nước phát triển trên thế giới. Tính đến tháng 4/2024, PTNTĐCNEP gồm 04 cán bộ chính nhiệm và 16 cán bộ kiêm nhiệm.

• Từ 2022 đến nay, Ban Giám đốc của PTNTĐCNEP gồm:

        Giám đốc: PGS.TS. Nguyễn Quang Huy

        Phó Giám đốc: PGS.TS. Trần Văn Tuấn

 Qua 20 năm hình thành và phát triển, Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein đã thực hiện tốt các chức năng, nhiệm vụ đặt ra, khai thác sử dụng hiệu quả các thiết bị được đầu tư, đã làm chủ nhiều công nghệ enzyme và protein hiện đại từ điều tra, tách chiết đến tinh sạch, nghiên cứu tính chất, hoạt tính, tạo chế phẩm tái tổ hợp, và phát triển ứng dụng … Phòng thí nghiệm Trọng điểm  Công nghệ Enzym và Protein đã thực hiện thành công nhiều đề tài dự án các cấp, đã đào tạo được nhiều tiến sĩ, thạc sĩ, cử nhân về công nghệ sinh học, đã thiết lập quan hệ hợp tác với nhiều viện nghiên cứu, trường đại học uy tín trong nước và quốc tế.